申请日本大学，尤其是对于三本院校背景的学生来说，可以参考以下步骤和注意事项：
基本条件
学历要求：
通常需要完成12年的正规学校教育或同等学历。
语言要求：
日语能力测试（JLPT）N2级别以上，或日本语能力测试（J.TEST）EF级以上。
考试成绩：
可能需要参加日本留学生考试（EJU）和各大学的校内考试。
申请材料：
包括成绩单、推荐信、个人陈述等。
申请流程
选择学校和专业：
根据个人情况和目标选择合适的学校和专业。
准备申请材料：
根据学校要求准备相应的材料，如学历证明、语言成绩、考试成绩等。
提交申请：
将材料提交给所选学校的国际学生招生办公室。
注意事项
DIY与中介：DIY申请和找留学中介均可，中介可能更省时省力。
考试要求：部分学校可能要求笔试，赴日参加，但也有可能与教授直接邮件沟通。
视频面试：视教授而定，不是所有学校都要求。
转专业：若想从文科转理科，可能会比较吃力，可以考虑经济方向。
费用预算：半年研究生加2年修士的费用大约在25万人民币左右。
签证与居留：申请签证以便在日本合法居留和学习。
其他途径
语言学校：适合日语基础不是很好的学生，先读语言学校再考大学。
留学预科：适合没有日语基础的学生，在国内学习日语课程。
英文SGU项目：全英文授课项目，适合英语水平高的学生。
结论
三本院校背景的学生申请日本大学是有机会的，但需要做好充分的准备，包括语言学习、材料准备和考试备考。建议提前规划，并考虑个人情况和目标选择合适的申请途径。