民办大学被称为“三本”是因为它们通常在招生批次中被归类为三本。在中国的高等教育体系里，本科教育被划分为三个层次：一本、二本和三本。其中，三本通常指的是民办本科院校或者独立学院，它们的录取分数线一般低于公办的一本和二本院校。民办本科的招生计划由学校自行安排，且由于不属于国家直属高校，其教育质量和师资力量可能不及公办高校，因此录取分数线较低。
需要注意的是，民办大学并不一定都是三本，它们可以是任何批次的院校。但随着时间的推移，一些省市已经取消了三本招生，将原来的三本批次学校合并到了二本批次。因此，民办大学是否为三本取决于其所在的省份和招生政策。