选择读民办大学还是闽台合作，可以从以下几个方面进行考虑：
毕业证书的正规性
民办大学的毕业证书可能会有“小尾巴”，例如“XX大学XX学院”，而闽台合作的毕业证书则直接落款为“XX大学”，更为正规。
办学质量和资源
公办学校的办学条件、环境和资源通常比民办学校更有优势。公办学校通常有更高的教学质量和更严格的管理，国家也在大力发展高等教育，抓教学质量。
闽台合作的专业通常与公办二本院校共享资源和校区，因此资源方面与公办二本基本一致。
学风和诚信度
公办学校的学风和诚信度普遍较高，学生在这里能够接受到更为严谨的教育和培养。
民办学校的学风和环境可能不如公办，尤其是独立学院，可能与母体高校共享资源和校区，但整体学风可能稍逊一筹。
专业选择
如果考生有特别喜欢的专业，并且该专业在闽台合作项目中提供，可以考虑选择闽台合作专业。但需要确保能考上该专业。
如果考生对专业没有特别偏好，更看重学校的整体实力和学风，那么选择公办二本的闽台合作专业会是更好的选择。
经济因素
民办大学的学费通常比公办高校高，而闽台合作项目的学费可能相对较高，但也在可接受范围内。如果家庭经济条件有限，需要考虑学费承受能力。
综合建议：
如果考生有把握考上排名前几的独立学院，可以根据自己的专业兴趣在二者之间做选择。如果没有这种把握，建议选择公办二本的闽台合作专业，因为无论是从办学质量、资源还是学风方面，公办高校都更有优势。
如果考生特别看重学校的整体实力和学风，并且家庭经济条件允许，那么选择民办大学的专业也是一个不错的选择，尤其是那些有良好口碑和办学主体的学校。