东南大学被称为“三本大学”主要源于以下几个原因：
地理位置的误解
东南大学位于南京，但它的校名“东南”与福建的电视台“东南卫视”以及东南地区的地理位置相混淆。由于福建的电视台和地理方位的关联，一些人误以为东南大学位于福建，从而产生了误解。
校名与福建的关联
“东南”一词在福建有很高的知名度，因为福建有一个著名的电视台叫做“东南卫视”。这种关联使得很多人将东南大学与福建的大学联系起来，进一步加深了误解。
知名度和印象
东南大学虽然是一所985高校，但由于其相对低调，很多人并不了解其真实的学术实力和地位。因此，一些人对东南大学的认知仅限于其校名，并将其误认为是福建的一所三本院校。
网络梗的传播
随着网络的发展，关于东南大学的这个误解被广泛传播，甚至成为了一种网络梗。这种戏谑的称呼在一定程度上也反映了人们对东南大学地理位置和知名度的误解。
需要强调的是，东南大学实际上是一所位于南京的985高校，拥有很高的学术声誉和实力。这个“三本大学”的称呼主要是由于地理位置和校名与福建的关联而产生的误解，并非实际情况。