三本大学改革落后的原因可以从以下几个方面进行分析：
社会认知与歧视
三本院校在人们心中常常被视为“末流院校”，学生在就业时可能会遭遇用人单位的歧视，这影响了三本院校的发展和学生的就业前景。
学费问题
随着三本院校升级为二本，学费负担增加，这对于以农民家庭为主或刚上线二本院校的学生来说，经济压力增大。
师资力量
三本院校的师资力量可能参差不齐，独立院校依赖合作公办院校的师资，而纯民办院校自主招生，这可能导致教育质量的不稳定。
社会认可度
尽管三本院校是国家认可的本科院校，拥有双证，但在社会面上的认可度较低，企业可能不太愿意接受三本院校的学生，这需要国家及院校共同努力提升民办教育的认可度。
资源分配不均
社会上存在大型企业倾向于招聘985、211等顶尖院校毕业生的现象，导致资源分配不均，三本院校在获取资源方面处于不利地位。
针对这些问题，三本大学需要进行一系列改革，以提高教育质量、增强社会认可度，并改善学生的就业前景。这可能包括提升教学质量、加强与企业合作、优化学费结构等措施。