自动化专业的三本大学包括：
1. 新疆工程学院
2. 桂林理工大学
3. 宝鸡文理学院
4. 上海电机学院
5. 攀枝花学院
6. 常熟理工学院
7. 长沙理工大学
8. 桂林电子科技大学
9. 太原工业学院
10. 湖南工业大学
11. 重庆大学
12. 山东科技大学
13. 山东工商学院
14. 烟台大学
15. 山东理工大学
16. 济南大学
17. 山东大学
18. 青岛理工大学
建议在选择学校时，可以综合考虑学校的教学质量、师资力量、科研实力以及就业前景等因素，以便找到最适合自己的学校。