民办大学的会计制度主要包括以下几方面：
财务计划和财务决算制度
制定财务计划和财务决算方案，确保学校财务活动有序进行。
预算管理制度
每年年底编制下一年度财务预算，提交财务管理委员会审核，预算经审核通过后实施，如需调整需履行相应程序。
基本建设财务管理制度
规范学校基本建设工程的财务活动，确保建设资金的合理使用。
财产物资管理制度
管理学校的财产物资，确保资产的安全和完整。
工资基金管理制度
管理学校工资基金，确保教职工工资的按时足额发放。
资金结算管理制度
规范学校内部资金的结算，确保资金流动的准确性和及时性。
学校基金管理制度
管理学校各类基金，确保基金的安全和合规使用。
收费标准管理制度
制定收费标准，规范学校的收费行为。
费用开支标准管理制度
规定费用开支的标准，控制学校的开支水平。
收据和发票管理制度
规范收据和发票的管理，确保合法合规。
经营承包财务管理制度
对经营承包活动进行财务管理和监督。
会计档案管理制度
管理会计档案，确保会计资料的完整性和安全性。
有价证券管理制度
管理学校的有价证券，确保资产的安全。
校办工厂财务管理制度
对校办工厂的财务活动进行管理和监督。
此外，民办学校还需参照《民间非营利组织会计制度》进行会计核算，该制度适用于民办学校所有财务活动，包括预算编制、收入管理、支出管理、资产管理和财务报告等。
综上所述，民办大学的会计制度涵盖了财务管理、预算管理、资产管理、资金结算、收入管理、支出管理等多个方面，确保学校财务活动的规范性和合法性。