民办大学的职能部门主要包括以下几类：
行政部门
校长：学校的法定代表人，负责学校的日常管理工作。
副校长：协助校长处理学校事务。
教务处：负责教学管理工作，包括课程设置、教学安排、考试安排等。
学生处：负责学生思想政治教育工作、学生资助、学生日常管理等工作。
人事处：负责教师招聘、职务评审、职称评定等人事管理工作。
科研处：负责科研项目申请、科研经费管理、科研成果推广等工作。
财务处：负责学校财务预算、收入支出管理、财务报表编制等工作。
后勤处：负责校园基础设施维护、水电供应、食堂管理等后勤保障工作。
国际合作与交流处：负责国际交流项目、国际合作研究、留学生管理等国际事务。
图书馆：负责图书采购、文献资源建设、读者服务等图书馆管理工作。
保卫处：负责校园安全、消防安全、治安管理等保卫工作。
校医院：负责师生健康体检、疾病治疗、健康咨询等医疗服务。
党委部门
党委：负责政治工作，带领全校紧跟党的步伐前进，讨论决定学校改革和发展中的重大问题，领导学校的思想政治工作和德育工作。
工会：代表教职工利益，参与学校民主管理和监督。
共青团：组织学生参与社会实践和志愿服务，引导学生成长。
学生会：代表学生利益，参与学校民主管理和监督。
其他部门
办公室：负责综合协调学校事务，包括文件运转、会议组织、文秘工作等。
德育处：负责全校德育管理工作，包括师德建设、学生成长记录、综合素质测评等。
资产处：负责管理校园里的贵重物品。
学生工作处：负责学生日常管理工作，包括学生思想政治教育、心理健康教育、奖助学金评定等。
这些职能部门共同协作，确保大学在教育教学、科研、管理等方面的正常运转和发展。建议民办大学在设立职能部门时，应充分考虑其职能的合理性和高效性，以便更好地服务于学校的整体发展。