三本大学和独立学院的区别主要体现在以下几个方面：
办学主体
三本大学：通常是指实施本科学历教育的普通高等学校，可以是公办或民办。
独立学院：是由普通高校与国家机构以外的社会组织或个人合作举办的本科层次高校，利用非国家财政性经费办学。独立学院一般挂名在知名大学名下，但具有独立的法人资格和财务核算能力。
办学层次
三本大学：属于本科层次，但通常被认为是较低层次的本科教育。
独立学院：同样是本科层次，但毕业证书上加盖的是独立学院的印章，与母体大学的毕业证书有所区别。
学历证书
三本大学：毕业生获得的毕业证书上加盖的是学校的校名印章。
独立学院：毕业生获得的毕业证书上加盖的是独立学院的印章，与母体大学的毕业证书有明显区别。
学费
三本大学：学费通常较高，但低于民办高校。
独立学院：学费相对较高，但低于民办高校，因为独立学院不能享受国家财政支持，主要依靠学生学费收入。
社会认可度
三本大学：虽然属于本科层次，但社会企业对其接受程度相对较低。
独立学院：由于挂名在知名大学名下，社会认可度相对较高，但仍有不少家长和学生对其办学质量和就业前景持保留态度。
师资
三本大学：通常拥有较为稳定的师资队伍，包括本部教师和独立聘请的教师。
独立学院：部分教师可能来自母体大学，但也有不少是独立聘请的，且可能存在师资质量参差不齐的情况。
总的来说，三本大学和独立学院在办学主体、层次、证书、学费、社会认可度和师资等方面存在明显的区别。考生在选择高校时，应仔细了解学校的性质和办学情况，避免混淆。