新疆最好的三本大学有以下几所：
新疆大学科学技术学院：
新疆大学科学技术学院在2023年新疆三本大学排名中位居第一。
新疆农业大学科学技术学院：
新疆农业大学科学技术学院在2023年新疆三本大学排名中位居第二。
新疆财经大学商务学院：
新疆财经大学商务学院在2023年新疆三本大学排名中位居第三。
石河子大学科技学院：
石河子大学科技学院在2021年新疆三本大学中位列前三。
新疆医科大学厚博学院：
新疆医科大学厚博学院在2021年新疆三本大学中位列前三。
建议：
如果你想有机会转专业升入二本，石河子大学科技学院是一个不错的选择。
如果你更看重专业选择，新疆大学科学技术学院和新疆农业大学科学技术学院都是较好的选择。
新疆财经大学商务学院在财经类专业方面可能具有优势。
这些排名和推荐基于不同的评价标准和时间，建议综合考虑个人兴趣、专业需求以及学校的教学质量和就业情况，做出最适合自己的选择。