长安大学被误认为是三本学校的原因主要在于 校名。具体原因如下：
校名误解：
长安大学在2000年由三所部属院校合并而成，包括隶属于交通部的西安公路交通大学、隶属于地矿部的西安工程学院和隶属于建设部的西北建筑工程学院。尽管它是一所偏工科的一本大学，但因为校名的原因，很多学生和家长误认为它是二本或三本院校。
名字与层次不匹配：
长安大学实际上是教育部直属高校，也是211工程和世界一流学科建设高校。但由于校名中没有“大学”二字，一些学生和家长可能会将其与一些三本院校混淆。
知名度问题：
由于校名的问题，长安大学在学生和家长心中的知名度并不高，甚至有人误以为它是一所三本院校。
综上所述，长安大学之所以被误认为是三本学校，主要是因为校名没有准确反映其作为重点高校的地位，导致很多学生和家长对其层次产生误解。实际上，长安大学是一所具有较高知名度和学术实力的一本大学。