铁路大学的三本院校包括：
北京交通大学铁道与城市轨道交通学院：
这是中国最早设立的铁路交通学科高等院校之一，是全国首批硕士学位授权单位，也是中国铁道工程学科招收研究生的唯一一所硕士研究生教育示范学院。
西南交通大学交通运输学院：
该学院是西南交通大学的组成部分，专注于交通运输领域的研究和教学。
同济大学铁道与城市轨道交通学院：
同济大学铁道与城市轨道交通学院也是国内知名的铁路交通学科高等教育机构。
建议：
北京交通大学铁道与城市轨道交通学院和 同济大学铁道与城市轨道交通学院在铁路交通学科方面具有较高的声誉和学术实力，建议优先考虑。
西南交通大学交通运输学院同样是一所实力较强的学院，适合对铁路交通学科有浓厚兴趣的学生。