截至2024年，日本三本大学中最好的排名如下：
东京大学
综合得分：85.9分（连续4年夺冠）
学科门类：法学、理学、医学、文学、工学等
留学生要求：文科生日语能力N1且高分，理工科需要英语TOEIC或TOEFL成绩，托福90分以上，托业900分以上
东北大学
综合得分：未提供具体分数，但位列日本前列
学科门类：化学、材料、工程、物理、药学、语言学、法学、社会学、政治学等
留学生要求：文科生日语能力N1，理工科托福成绩在79分以上（建议85分+），EJU留考成绩重要
大阪大学
综合排名：近些年不断上升，教育成果领域名列第5位
学科门类：未提供具体信息
留学生要求：未提供具体信息
京都大学
综合排名：2022年QS世界大学排名第33名，日本大学排名第2名
学科门类：文学、经济学、医学、法学、理学、农学等
留学生要求：未提供具体信息
东京工业大学
综合排名：2024年日本大学排名第3名
学科门类：专攻工程技术与自然科学
留学生要求：未提供具体信息
建议：
东京大学和 东北大学均属于日本顶尖的研究型综合国立大学，适合追求学术研究和国际化环境的留学生报考。
大阪大学在教育成果领域表现突出，近些年排名不断上升，也是一个值得考虑的选择。
京都大学和 东京工业大学分别在科学研究和理工科领域具有极高的声誉，适合特定学科的学生报考。