当前问题涉及到的三所大学分别是华东师范大学、东北大学和北京工业大学。这三所大学被教育部限期整改的工程研究中心如下：
华东师范大学 纳光电集成与先进装备教育部工程研究中心：
该中心在平板显示、空中机器人等项目中取得了重要突破。
东北大学
材料先进制备技术工程研究中心
复杂网络系统安全保障技术工程研究中心
流程工业数字化仪表工程研究中心
有色金属冶金过程技术工程研究中心
特殊钢先进冶金工艺与装备工程研究中心
新材料与功能材料网上合作研究中心
北京工业大学
数字社区教育部工程研究中心
这些整改可能与工程研究中心的研究方向、科研成果、人才培养等方面有关，具体的整改原因和内容需要根据教育部的官方通知和解释。