三本大学学费不公平的现象确实存在，主要原因包括：
学校地理位置：
不同地区的三本大学学费存在差异。发达地区的三本大学学费较高，而欠发达地区的学费较低。
学校办学条件：
学校的办学条件，如教学设施、实验室设备、图书馆资源等，也会影响学费。办学条件较好的学校需要更多资金投入，因此学费相对较高。
学校声誉和知名度：
历史悠久、声誉和知名度较高的三本大学，由于其教育品质和校友网络的影响力，吸引了更多学生申请，因此可能收取更高的学费。
专业设置和人力资源需求：
不同专业的三本大学对教学资源和设备的需求不同，导致学费有所差异。一些高需求、高投入的专业，如医学、工程等，学费相对较高。
政策和经济情况：
不同地区的教育政策和经济情况也会影响学费的高低。一些地方可能通过政府补贴来降低学费，而另一些地方则没有相应的政策支持。
综上所述，三本大学学费的不公平主要是由于多种综合因素造成的。虽然学费较高，但学生可以根据自己的兴趣、职业规划以及家庭经济情况，综合考虑选择学校和专业。同时，政府和社会也应该关注教育公平问题，尽量缩小不同学校之间的学费差距，为更多学生提供平等的教育机会。