截至2024年，国家卫健委直属的大学中，北京协和医学院在多个排名中均位列第一。具体排名如下：
2020年度中国医学院校科技量值（STEM）综合排名
北京协和医学院排名第一。
2023中国医学院校大学排行榜
北京协和医学院排名第一。
2023前50所医学院校综合实力排行榜
北京协和医学院排名第一。
2024年39所985大学中国防科技大学未参与的排名
北京协和医学院综合排名全国第32位。
这些排名综合了不同的评价标准，包括教育资源、人才培养、科研、临床实力和行业声誉等。北京协和医学院作为国家卫健委唯一直属高校，凭借其强大的学科实力和科研能力，在多个排名中均取得了优异的成绩。