2016年南京的二本大学包括以下几所：
1. 南京林业大学（全国排名157）
2. 南京医科大学（全国排名162）
3. 南京中医药大学（全国排名178）
4. 南京信息工程大学（全国排名214）
5. 南京邮电大学（全国排名185）
6. 南京工业大学（全国排名未提供，但在江苏省内是重点建设的二本高校）
7. 江苏师范大学（全国排名216）
8. 南通大学（全国排名229）
9. 常州大学（全国排名264）
10. 江苏科技大学（全国排名306）
11. 南京财经大学（全国排名313）
12. 徐州医学院（全国排名318）
13. 南京审计学院（全国排名363）
14. 南京工程学院（专注于工程技术）
15. 南京晓庄学院（以师范教育为特色）
16. 金陵科技学院
17. 江苏警官学院
18. 南京大学金陵学院
19. 东南大学成贤学院
20. 江苏第二师范学院
21. 南京特殊教育师范学院
22. 南京工业职业技术大学
23. 南京传媒学院
24. 三江学院
这些排名信息来源于不同时间点的发布，因此排名可能会有所变动。建议参考官方渠道或教育部门公布的信息以获得最准确的排名数据。