1999年中国大学排名如下：
1. 清华大学 - 综合得分：100.00，学术声誉得分：100.00，论文得分：100.00
2. 北京大学 - 综合得分：99.61，学术声誉得分：99.61，论文得分：45.67
3. 南京大学 - 综合得分：91.86，学术声誉得分：64.03，论文得分：64.03
4. 复旦大学 - 综合得分：90.23，学术声誉得分：96.89，论文得分：96.89
5. 中国科学技术大学 - 综合得分：89.97，学术声誉得分：65.69，论文得分：65.69
6. 中国协和医科大学 - 综合得分：87.60，学术声誉得分：无数据，论文得分：无数据
7. 浙江大学 - 综合得分：87.36，学术声誉得分：无数据，论文得分：无数据
8. 上海交通大学 - 综合得分：85.18，学术声誉得分：无数据，论文得分：无数据
9. 南开大学 - 综合得分：80.00，学术声誉得分：无数据，论文得分：无数据
以上排名基于1999年的数据，排名可能会随着时间的推移和评价标准的变化而有所调整。如果您需要更详细的信息或其他年份的排名，请告诉我