南疆单列二本的好大学包括：
新疆农业大学：
这所大学在农林类二本院校中表现突出，全国排名第184位。
新疆医科大学：
作为医药类省重点大学，新疆医科大学在全国排名第175位，是单列类二本招生的重要高校。
塔里木大学：
这所大学是一所综合类省重点大学，全国排名第263位，也是单列类二本招生的高校之一。
喀什大学：
综合类省重点大学，全国排名第371位，也在单列类二本招生名单之中。
伊犁师范大学：
这所大学在单列类二本招生中占有一席之地。
这些大学在各自的领域具有优势，并且根据最新的排名和招生信息，它们是南疆地区单列二本招生的重要高校。建议根据个人兴趣和职业规划，选择最合适的专业和学校进行报考。