农业大学是否设有三本院校，需要根据具体学校的招生政策和实际情况来判断。以下是一些具体信息：
沈阳农业大学
沈阳农业大学没有二本，只有一本和三本。三本已经逐步搬离一本校区，一本每年会对省内考生降分，最低分数线低于国本分数线十分左右，理科大概会在510分左右。
江西农业大学
江西农业大学有第三批次本科线，即三本线，文史、理工类和三校生本科文理征集志愿投档情况统计表显示，二本分数线较高，具体分数线未详细列出。
中国农业大学
中国农业大学是全国重点大学，没有三本。它是一所以生命科学、农学和农业工程为特色和优势的全国重点大学，系国家“985工程”、“211工程”重点建设，列入“2011计划”、“111计划”。
河北农业大学
河北农业大学西校区已经没有三本之说了，大学招生的第3批次录取已经和第2批次录取合并为一个批次。河北农业大学西校区的现代科技学院是第2批次录取学院，其他十几个学院都是第1批次招生的学院。
南京农业大学
南京农业大学是一所隶属于中央政府和教育部的大学，没有三本。它是国家“111计划”重点大学之一，也是“援疆学科建设计划”的40所重点大学之一，具有农业和生命科学优势和特色。
湖南农业大学
湖南农业大学东方科技学院是长沙地区里排前的三本院校，与湖南农业大学形成资源共享，分数线大概超过三本线多十几二十分。
综上所述，农业大学中，部分学校如沈阳农业大学、江西农业大学和湖南农业大学设有三本院校，而其他学校如中国农业大学、河北农业大学和南京农业大学则没有三本院校。建议您根据具体报考的学校和专业，查看其最新的招生简章以获取最准确的招生信息。