三本大学存在的问题主要包括以下几个方面：
学费昂贵：
三本大学的学费通常较高，一般家庭难以承担。高昂的学费是导致许多家长和学生不认可三本院校的主要原因之一。
学生质量普遍偏低：
三本大学的录取分数较低，学生质量普遍不如一本和二本院校。这使得三本大学在社会上的认可度较低，很多学生和家长将其与专科院校等同对待。
教学资源投入不足：
三本大学通常办学条件较差，教学经费投入不足，教学设施和师资力量较为匮乏。这导致教学条件较差，难以满足高质量教学的需求。
毕业生就业困难：
由于学历层次的模糊，三本大学毕业生的就业定位不清晰，面临着来自本科和专科毕业生的竞争压力，就业难度较大。此外，其未来发展路径也较为模糊。
人才培养模式与社会需求不匹配：
三本大学所教授的知识和技能与社会所需不匹配，企业配合积极性不高，"以工代学"项岗劳动不能起到实践教学作用，双师型教师极度短缺。
学习氛围不佳：
三本大学的学习氛围普遍不如一本和二本院校，学生之间的攀比现象较为严重，给家长们留下了不好的印象。
社会认可度低：
社会上对于三本院校的毕业生持有偏见，一些用人单位在招聘时可能会优先考虑来自一本、二本院校的学生，这使得三本院校毕业生在求职过程中面临更多的挑战。
管理难度较大：
随着三本院校数量的增加，管理难度也随之增大，尤其是在教学质量和学生管理方面。
层次定位不清晰：
三本大学的层次定位较为模糊，这使得其在教育体系和就业市场中的位置较为尴尬。
思想政治教育工作薄弱：
三本院校在思想政治教育方面存在严重问题，学生吃苦精神较弱，个人主义严重，团结协作能力差，对学校认同度低。
综上所述，三本大学在学费、学生质量、教学资源、毕业生就业、人才培养模式、学习氛围、社会认可度、管理难度、层次定位以及思想政治教育等方面都存在较为突出的问题。针对这些问题，三本大学需要进行深入的改革，以提高教育质量和社会认可度，从而更好地适应新时代对高等教育的要求。