三本大学实行早操制度的原因主要有以下几点：
培养学生良好的生活作息习惯
早操可以帮助学生克服进入大学后的松懈情绪，养成早睡早起的好习惯。通过每天早上按时起床并进行早操，学生能够更加积极地面对学习和生活。
提高学生的身体素质
熬夜对身体的危害极大，早操可以锻炼身体，增强体质。学生通过早操能够提高新陈代谢能力，减少精神衰弱的风险，从而保持更好的身体状态。
加强学生的组织纪律性
早操通常以班级为单位进行，这有助于增强学生的团队凝聚力。通过每天一起做早操，学生能够更加热爱自己的团队和班级，从而提高整体的组织纪律性。
辅助日常学习
早操可以让学生在一天开始时精力充沛，有助于提高上午的学习效率。良好的作息习惯和身体状态也能让学生在晚上更有精力进行晚自习，从而巩固一天所学知识。
减轻高中时期的压力
一些大学在大一阶段安排早操和晚自习，是为了让学生从高中紧张的学习环境中逐渐过渡，防止学生进入大学后过于放松，避免“空心病”的发生。
体现学校的文体教育
部分大学将早操作为学校文体教育的一部分，旨在通过早操活动让学生感受到学校的体育氛围和文化底蕴。
综上所述，三本大学实行早操制度主要是为了培养学生良好的生活习惯和身体素质，加强组织纪律性，辅助日常学习，并减轻高中时期的压力。尽管有些学生可能不喜欢早操，但从学校的角度来看，早操对于学生的整体成长和发展具有积极意义。