花都区内的三本大学至少包括以下几所：
广东第二师范大学花都校区
成立于1955年，2014年获得本科学位授予权。
与当地政府共建5所附属学校和3个教育实验区。
现有教育学院等17个教学学院，教育科学研究所等14个研究所，36个本科专业，涵盖文、理、工、法、史、管、艺9门学科。
培正学院
成立于1993年，是一所管理经济学为主，文学、法学、艺术与工程、理学与多学科融合、协调发展的学院。
位于广州市花都区培正路53号。
华南理工大学广州学院
成立于2006年4月，隶属于三校。
学校经教育部批准，是一所发展中的多学科大学。
位于广州市花都区秀泉街道学府路1号。
综上所述，花都区内的三本大学至少包括广东第二师范大学花都校区、培正学院和华南理工大学广州学院三所。