北京市区的三本大学包括以下几所：
1. 北京城市学院
2. 北京经贸职业学院
3. 北京邮电大学世纪学院
4. 首都师范大学科德学院
5. 北京科技大学天津学院
6. 北京吉利大学
7. 北京工商大学嘉华学院
8. 北京工业大学耿丹学院
9. 北京化工大学北方学院
10. 首钢工学院
11. 北京农业职业学院
12. 北京科技经营管理学院
13. 北京经济技术职业学院
14. 燕京华侨职业学院
15. 北京北大方正软件职业技术学院
16. 北京汇佳职业学院
建议您根据自己的兴趣和专业需求，仔细考察每所学校的特色和优势，以便做出更为明智的选择。