南京的本科民办大学包括以下几所：
三江学院
三江学院是江苏省首家民办本科普通高校，也是全国最早的四所民办本科高校之一。其校名来源于1902年的三江师范学堂，1995年4月由原国家教委批准正式建校，2002年2月经国家教育部批准升格为本科高校。
东南大学成贤学院
东南大学成贤学院始创于1998年，是由“985”“211”重点建设高校东南大学用全新的办学理念和运行模式举办的独立学院，培养普通全日制本科学生。学校坐落于东南大学本科教学基地——浦口校区，设有7个院（部）。
南京大学金陵学院
南京大学金陵学院是经国家教育部批准由南京大学申办的本科层次的独立学院，位于南京大学浦口校区，校园风景秀丽，被誉为“南京最美的十所高校”之一。
南京理工大学紫金学院
南京理工大学紫金学院成立于1999年，2004年经国家教育部批准改制为本科层次的独立学院，由南京理工大学联合社会力量举办。
南京航空航天大学金城学院
南京航空航天大学金城学院成立于2002年，是一所全日制民办普通本科高等学校。
南京传媒学院
南京传媒学院简称南传，位于江苏省南京市，是经教育部批准设立的全日制民办普通本科高等学校，为江苏省唯一一所传媒类应用型本科高校。学校构建了在长三角地区同领域类别最齐全的学科专业群，开设了48个应用型本科专业。
南京工业大学浦江学院
南京工业大学浦江学院是南京工业大学举办的独立学院，培养普通全日制本科学生。
南京审计大学金审学院
南京审计大学金审学院是经国家教育部批准由南京审计大学申办的本科层次的独立学院。
这些学院在各自的办学领域有着不同的特色和优势，建议学生在选择时可以根据自己的兴趣和职业规划进行详细了解。