北京交通大学有三本的说法是不准确的。北京交通大学本身是一所一本大学，而并非三本大学。
关于北京交通大学的二级学院——北京交通大学海滨学院，其招生批次和办学性质如下：
招生批次
北京交通大学海滨学院在河北是第二批次招生，因此通常被认为是二本大学。
在其他省份，如广东，海滨学院是本科二批招生。
办学性质
北京交通大学海滨学院是由北京交通大学与融河（黄骅）科教有限公司共同举办、经国家教育部批准正式设立的全日制本科层次独立学院。
综上所述，北京交通大学海滨学院在不同省份的招生批次有所不同，但总体来说，它是一所二本大学。因此，关于“北京交通大学有三本”的说法是不正确的。