二本三流大学通常指的是 普通本科，它们在学术水平、科研能力、教学质量等方面相对较低。这些大学可能存在着师资力量不足、教学质量不高、科研成果较少等问题。二本三流大学大多数是原来的专科升格而成，主要面向省内招生，且收费较高。这些学校也被称为非九八五、二一一以及一本类国家认可并推崇的院校，其毕业证书的认可度不如国家一流院校高。
具体到一些院校，如西南医科大学、华东交通大学、中国医科大学等，虽然它们在某些方面表现不错，但因为历史、地理位置或政策调整等原因，它们的录取分数线和学术声誉并未达到一本大学的标准，因此被归类为二本三流大学。
需要注意的是，过去存在二本和三本之分，但现在很多省份已经取消了这种划分，统称为本科第一批次、本科第二批次等。因此，在讨论大学时，建议使用更准确的分类方式，如一本、二本、三本或高职（专科）等。