三本大学发的毕业证是 本科学士学位。虽然三本的本科仍然由具有学位授予单位颁发，且从学位角度来说，三本的本科与重点本科（一本）和普通本科（二本）完全一样，但毕业证上会有所区别。这些区别主要体现在：
毕业证上可能有两个印章：
由于三本院校可能是联合办学或二级独立学院等方式办学，其毕业证上可能会出现两个印章，或显示二级学院的印章。
校名显示不同：
三本院校的毕业证上会显示三本院校的名称，而不会显示母校（一本或二本）的名称。例如，如果某学生就读于浙江大学城市学院，其毕业证上会显示“浙江大学城市学院”而不是“浙江大学”。
证书内容有细微差别：
虽然毕业证的基本内容（如姓名、入学及就读时间、专业名称、四年制本科学习、学校名称、学校公章等）在一本、二本、三本之间是相同的，但在描述学校时，三本证书会显示为“本学院”而不是“本校”。
证书编码和公章不同：
三本证书的编码首部和学校公章与一本、二本证书不同，这也是为了区分不同层次的院校。
总的来说，虽然三本大学的毕业证在形式上与一本、二本略有不同，但它们都是国家承认的本科毕业证书，具有相同的学历层次和法律效力。在求职、升学等场合，三本大学的毕业生享有与一本、二本毕业生同等的权利和资格。