三本大学毕业生持有的证书主要包括以下几种：
毕业证：
三本高校学生完成四年学业后，将获得由三本院校颁发的本科毕业证书。
学位证：
三本高校学生除了毕业证外，还可以获得学士学位证书。该证书由三本院校独立颁发，但国家承认其效力。
派遣证：
三本高校学生毕业后还会获得派遣证，以便于毕业生顺利就业或继续深造。
综上所述，三本大学毕业生持有的主要证书包括本科毕业证书、学士学位证书和派遣证。这些证书都是国家承认的，并且在就业、升学等方面具有一定的优势。建议三本高校学生在大学期间除了获得这些证书外，还可以积极考取其他相关证书，如计算机二级证书、英语四六级证书和教师资格证等，以提升自己的综合竞争力。