三本大学的毕业证盖章一般为 学院的章。独立学院的学生毕业后，其毕业证书上加盖的是所属学院的章，而不是学校的公章或校长的签名章。这是因为独立学院虽然与母校在教学管理方面保持独立，但它们仍然是母校的一部分，因此毕业证书上会显示学院名称，以区别于一本和二本学校的毕业证书。
此外，尽管有些资料提到三本毕业证上可能盖有校长的章，但这并不是普遍情况。实际上，三本毕业证的盖章更可能是学院的章，以突出其作为独立学院的身份。
综上所述，三本大学的毕业证盖章主要是 学院的章，这是为了区分不同层次的学院以及其在教学管理方面的独立性。如果需要更详细的信息，建议直接联系所在学校的教务处或相关部门进行确认。