南京市区公办二本大学包括：
南京工程学院：
以工程技术为主，是江苏省属工科型二本院校，近年来在工程学科方面成绩显著。
南京晓庄学院：
以师范教育为特色，历史悠久，培养了众多优秀教师，是南京市民办教育的佼佼者。
南京信息工程大学：
虽然为民办，但在信息技术领域享有很高声誉。
南京审计大学：
独特的审计专业使其在民办大学中独树一帜，毕业生就业率一直保持高位。
南京邮电大学（应用科学学院）：
依托南京邮电大学的教育资源，培养了大批通信和信息科技人才。
南京林业大学：
以农林学科为特色，理、工、管、经、文、法、艺等多学科协调发展。
南京财经大学：
以经济学、管理学为特色，理、工、管、经、文、法、艺等多学科协调发展。
金陵科技学院：
坐落于六朝古都南京，是一所全日制普通本科院校。
南京传媒学院：
位于江苏省南京市江宁区，现有江宁方山大学城主校区、江宁滨江校区，是一所全日制普通本科院校。
南京特殊教育师范学院：
以培养特殊教育师资为主，兼以残疾人高等教育和残疾人事业专门人才培养。
建议：
南京工程学院和 南京晓庄学院是南京市区的公办二本大学中较为知名的两所，分别擅长工程技术和师范教育。
南京信息工程大学和 南京审计大学虽然在民办大学中知名度较高，但在其专业领域内具有很高的声誉。
南京林业大学和 南京财经大学等多学科协调发展的综合性大学，适合希望获得更广泛知识的学生。
这些建议可以帮助你根据个人兴趣和职业规划，选择最适合自己的大学。