东京大学
东京大学是日本实力最强的大学，也是日本最早建立的大学，被誉为日本的学术殿堂。它位列七所旧帝国大学之首，在世界范围内也非常著名。东京大学在2018年QS世界大学排名第28位，2018年QS亚洲大学排名第13位。
京都大学
京都大学是日本国内仅次于东京大学的国立综合大学，建立于1897年，是日本第二所旧制帝国大学。京都大学以独立思考和判断能力为培养宗旨，共培养了两位日本首相、9位诺贝尔奖得主、2名菲尔兹奖得主和7名世界500强企业的CEO。在2018年ARWU世界大学学术排名中位列第35位。
东京工业大学
东京工业大学是日本国内最好的理工科大学，也是世界一流的理工科大学，位列日本最好的大学排名第三。东京工业大学建立于1881年，至今已有137年历史。该校在2006年研制出亚洲最快的超级计算机“TSUBAME”，并拥有99件专利，是日本大学中最多的。东京工业大学曾培养出白川英树和大隅良典两位诺贝尔奖得主。在全球大学就业能力排行榜中位列第19位。
建议：
如果你对理工科特别感兴趣，东京工业大学是一个非常好的选择。
如果你希望接受更为全面的学术教育，京都大学和东京大学都是顶尖的选择。