国家取消三本大学的原因主要有以下几点：
录取方便：
中国的高校数量庞大，学生数量庞大，为了录取方便，国家分成几个批次录取。其中本科批次一般有三批，但是因为第一批录取的高校都是985、211和重点高校，所以社会认可度最高，只要进入一批的学校，不管质量如何，专业如何，都能收到高分学生，而第二批录取的学生，只能招收一批录取剩下的学生，第三批录取的学校，分数就更低了，这种人为设置档次，很明显是不公平的。
教育公平：
取消三本实行多个平行志愿填报，体现了二本、三本的平等，学校因此也可以录取到更优质的生源。同时，三本院校大部分属于私立院校，学费高昂，取消三本可以减轻学生和家庭的经济负担。
促进高校平等竞争：
分批次录取是人为地把高校分为三六九等，不利于高校平等竞争。一本高校由于处在一本位置，不思进取至少也能录取到一本线以上的学生。而三本或者专科层次的高校，无论怎样努力，都只能录取低分层次的学生。批次合并能打破高校的层级，促进不同层次大学平等竞争，给低层次高校或专业提供上升的空间。
减少学历歧视：
分批次录取不仅体现在招生环节，也体现在就业环节。中学不仅追求升学率，更追求一本率。就业时候用人单位歧视三本毕业学生。批次合并后招生和用人都只有本科专科之分了，本科不再分级，从而减少学历歧视。
综上所述，国家取消三本大学是为了提高教育公平性，促进高校平等竞争，减少学历歧视，并简化录取流程。目前，大部分省份已经实现了二本和三本批次的合并录取。