在南京市江宁区的二本大学包括：
南京航空航天大学- 以航空航天民航为特色，以理工类为主的综合性全国重点大学。
中国药科大学- 以药学为特色，多学科协调发展的重点大学。
河海大学- 以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的全国重点大学。
南京工程学院- 主攻工程技术，是江苏省属的工科型二本院校。
南京晓庄学院- 以师范专业为特色的公办院校。
金陵科技学院- 以培养高素质应用型人才为主的理工类大学。
南京医科大学- 由教育部、国家卫生和计划生育委员会、江苏省人民政府共建的省属重点建设大学。
这些大学在各自的领域有着较强的教学和研究能力，提供多样化的专业选择，是江苏省及全国范围内较为知名的高等教育机构。