重庆的二本大学中，以下几个专业是热门选择：
计算机科学与技术：
该专业是重庆大学的二本专业之一，也是工科类中的热门选择，拥有良好的就业前景和市场需求。
机械工程与自动化：
同样作为重庆大学的二本专业，机械工程与自动化专业在学术研究和未来就业方面都具有广阔的发展前景。
软件工程：
软件工程专业的就业率和竞争力都非常强，是计算机类专业中就业满意度最高的一个学科，发展前景广阔。
电子信息工程：
作为工科中相对报考热度很高的学科类型，电子信息工程专业包含了不少热门专业，如电子信息工程、通信工程、电子科学与技术等。
临床医学：
医学类专业中，临床医学专业的就业面较广，是一个值得二本考生报考的学科。
护理学：
护理学专业就业前景广阔，适合进入医院、诊所或专业口腔医院工作。
土木工程：
虽然不如前些年那么吃香，但土木工程专业的就业率依然较强，属于工科专业中的万金油学科，就业面广。
经济学 、 工商管理、 会计学：
这些经济管理类专业为学生提供了广阔的职业发展空间，也是重庆二本大学的热门专业之一。
医学影像学：
医学类专业中的医学影像学也是一个热门选择，具有较好的就业前景。
文学、 法学：
这些人文社科类专业为学生提供了多元化的选择，就业方向也较为广泛。
建议学生在选择专业时，可以根据自己的兴趣和职业规划，结合各个专业的就业前景和发展潜力，做出更为明智的选择。