北京民办大学并不都是三本院校。民办大学与三本院校是两个不同的概念，前者是指办学性质，后者是指录取批次。民办本科院校经过国家评核通过也可以升级为二本院校。此外，随着教育改革的深入，一些省市已经取消了三本招生，将原来的三本批次学校合并到了二本批次，因此现在三本院校的数量已经减少。
综上所述，北京民办大学中既有三本院校，也有二本院校，甚至有部分院校具备升级为一本院校的条件。因此，不能一概而论所有北京民办大学都是三本院校。在选择民办大学时，建议考生和家长综合考虑学校的办学质量、师资力量、就业前景等因素，以获得更为全面的了解。