合肥原三本大学理科包括以下几所：
安徽大学江淮学院
安徽农业大学经济技术学院
安徽医科大学临床医学院
安徽建筑工业学院城市建设学院
安徽财经大学商学院
安徽三联学院
安徽新华学院
安徽文达信息工程学院
安徽外国语学院
建议：
安徽大学江淮学院和 安徽农业大学经济技术学院被认为是较好的三本学院，尤其是安徽大学江淮学院，有观点认为它是最好的三本学院。
安徽医科大学临床医学院在理科三本大学中排名第一。
安徽建筑工业学院城市建设学院和 安徽财经大学商学院也是理科生可以考虑的选项。
安徽三联学院和 安徽新华学院也被认为是合肥比较好的三本大学。
这些建议基于不同时间点的信息，建议在选择学校时，还要结合最新的招生简章和专业设置进行详细考虑。