三本大学的“独立”主要指 具有独立的法人资格和办学自主权。独立学院是由普通本科高校与社会力量合作举办的本科层次教育机构，它们依托母体高校的资源，但具有独立的校园、教学、管理和财务核算。独立学院可以独立进行招生、教学、颁发学历证书和学位证书，并独立承担民事责任。
具体来说，独立学院的独立性体现在以下几个方面：
财务独立：
独立学院的收入主要靠学费等收费，而不是国家财政拨款。
招生独立：
独立学院可以独立组织招生，实施降低分数的方式，独立招收学生。
教学独立：
独立学院可以独立组织教学，使用独立的师资力量和教学设施。
管理独立：
独立学院有独立的管理机构，负责学院的日常运营和管理。
财务核算独立：
独立学院进行独立的财务核算，独立承担经济责任。
颁发证书独立：
独立学院独立颁发学历证书和学位证书，这些证书上加盖的是独立学院的印章，而不是母体高校的印章。
尽管独立学院在独立性方面与母体高校有所不同，但它们都是国家教育部批准的正规大学，毕业生所获得的学历也是国家承认的。