海南大学的二本毕业生所领取的毕业证书与一本毕业生是相同的。虽然学校在招生时会有分数高低和录取批次的不同，但毕业证书上不会注明是一本或二本，统一盖有“海南大学”的红章。毕业证书是教育部统一格式的，海大的一本和二本专业毕业证在内容上除姓名、性别、出生日期、专业外，其他部分均相同。
此外，海南大学的一本专业通常位于海甸校区，归经管学院管理，而二本专业则在城西校区，归应用科技学院管理。尽管如此，这些差异并不影响毕业证书的统一性。
因此，无论是哪个校区的二本毕业生，他们拿到的毕业证书都是海南大学颁发的，具有相同的效力。在就业市场上，用人单位通常也会认可这种统一格式的毕业证书，而不会特别区分一本和二本。