复旦大学的专业众多，根据不同的排名和评价标准，以下是其最好的三个专业：
政治学：
政治学在复旦大学中属于全国第一的专业。
基础医学：
基础医学也是复旦大学最好的专业之一，全国第一。
数学：
数学专业在复旦大学中同样被评为全国第一。
此外，复旦大学的其他王牌专业还包括：
哲学
经济学
法学
国际政治
社会学
汉语言文学
英语
新闻学
历史学
数学与应用数学
这些专业在国内和国际上都享有很高的声誉，是复旦大学的重点专业和优势学科。建议学生在选择专业时，可以优先考虑这些专业，以获得更好的教育和研究资源。