是的，民办大学通常会设立党支部。根据《中华人民共和国支部工作条例》，有正式党员3人以上的民办学校和民办培训单位都需要成立独立党支部。党支部是党在社会基层组织中的战斗堡垒，负责直接教育党员、管理党员、监督党员以及组织群众、宣传群众、凝聚群众和服务群众。
民办大学的党组织负责开展党的工作，保证党的路线方针政策在学校得到贯彻执行，并通过政治学习和组织活动引导师生员工树立正确的世界观、人生观和价值观。此外，党组织还负责培养、选拔和输送入党积极分子，为党的发展壮大储备力量。
需要注意的是，民办高校党组织的设置原则根据党员人数而定，正式党员人数达到一定数量时可以成立党支部或总支委员会。例如，正式党员3人以上不足50人的可以成立党支部，超过7人的可以成立支部委员会；超过50人的，可以成立党的总支委员会。