南京的大学是否分一本和二本，主要取决于各大学在各省份的招生批次以及民间的说法。以下是一些具体的情况：
南京大学
由教育部和江苏省重点共建，属于全国重点研究型大学。
2023年在各省的招生批次都是第一批次，因此南京大学属于一本大学。
河海大学 、 南京师范大学、 南京信息工程大学、 南京邮电大学、 南京工业大学、 南京林业大学、 南京医科大学、 南京中医药大学、 南京财经大学、 金陵科技学院、 南京工程学院、 南京审计大学等
这些高校在全国招生中既有第一批次招生也有第二批次招生。
如果高校在某个省份是本科一批招生的，可以认为它是一本大学；如果在某个省份是本科二批招生的，则可以认为它是二本大学。
南京理工大学
是211和双一流大学，在全国也是本科一批招生，因此通常认为南京理工大学是一本大学。
南京体育学院
是一所一本大学，属于本科一批层次。
教育部门并没有一本、二本这样的划分
毕业证上只有本科和专科之分，几本只是民间的一种说法。
综上所述，南京的大学是否分一本和二本，主要看其在各省份的招生批次以及民间约定。一些高校如南京大学、南京理工大学和南京体育学院等明确属于一本大学，而其他一些高校如河海大学、南京师范大学等则根据省份不同，既可以被认为是二本大学，也可以被认为是一本大学。