机械设计制造及其自动化专业的二本大学包括：
1. 江西理工大学九江学院
2. 金华理工学院
3. 江苏海洋大学
4. 江苏师范大学
5. 沈阳理工大学
6. 燕山大学（虽然在一本招生，但也被认为是二本中较好的大学）
7. 太原科技大学
8. 山东理工大学
9. 西安理工大学
10. 长春理工大学
11. 浙江理工大学
12. 河南科技大学
13. 兰州理工大学
14. 内蒙古科技大学
这些大学在机械设计制造及其自动化专业方面都有各自的优势和特色，建议根据个人兴趣、专业方向和地理位置等因素进行选择。