南京的三本推荐大学如下：
南京大学金陵学院
东南大学成贤学院
南京航空航天大学金城学院
南京理工大学紫金学院
南京师范大学中北学院
南京中医药大学翰林学院
南京邮电大学通达学院
南京审计学院金审学院
南京财经大学红山学院
南京工业大学浦江学院
金陵科技学院龙蟠学院
南京信息工程大学滨江学院
南京工程学院康尼学院
南京农业大学
河海大学
中国药科大学
南京体育学院
南京艺术学院
南京理工大学泰州科技学院
南京师范大学泰州学院
建议：
南京大学金陵学院、 东南大学成贤学院、 南京航空航天大学金城学院和 南京理工大学紫金学院是南京较为知名的三本院校，具有较高的教学水平和学术实力，建议优先考虑。
南京师范大学中北学院、 南京中医药大学翰林学院、 南京邮电大学通达学院和 南京审计学院金审学院等学院也有各自的优势和特色，可以根据个人兴趣和职业规划进行选择。
南京农业大学、 河海大学和 中国药科大学等综合性大学的三本专业也值得考虑，能够提供更全面的学科教育和资源。