在云南，最好的二本大学包括以下几所：
昆明理工大学：
昆明理工大学是一所理、工、经、管、文、法、教育等多学科协调发展的综合性大学。学校涵盖了多个学科门类，其中工科类专业在云南省内享有较高声誉。学校注重实践教学，为学生提供机会提高实践动手能力，并在努力推进教学改革，提高教学质量。
昆明医科大学：
昆明医科大学是一所专业性强、学科门类完备的全日制普通本科医科大学。学校重视科研和学院国际化办学，提供多样的学科和机遇，为学生成才打下坚实的基础。学校拥有校本部、临床医学校区和呈贡校区三个主要校区，拥有完善的现代化教学设施和医学实验室。
普洱学院：
普洱学院是一所学科门类较为齐全的本科院校。学校的特色专业主要有旅游管理、中文与传媒、艺术设计、音乐与舞蹈等。学校重视实践教学，为学生提供实践/生产实习等机会，培养学生的实际动手能力，提高学生就业竞争力。
曲靖师范学院：
曲靖师范学院是一所以教育、文学、历史、理学、工学等学科为主的本科院校。学校设有16个学院，主要开设数学与应用数学、物理学、计算机科学与技术、教育学等专业。
玉溪师范学院：
玉溪师范学院是一所多学科协调发展的本科院校，主要开设师范类专业和人文社科类专业。
云南财经大学：
云南财经大学是一所专业性强、学科门类齐全的本科院校，主要开设财经类专业。
云南大学滇池学院 和 云南大学旅游文化学院：
这两所学院是云南大学的独立学院，依托云南大学的优质教育资源，具有较高的教学质量和学术水平。
云南建筑大学：
云南建筑大学是一所专注于建筑类专业的本科院校，拥有较高的专业声誉。
云南民族大学：
云南民族大学是一所培养少数民族人才的综合性大学，拥有多个民族学科和专业。
云南中医学院和 楚雄医药高等专科学校：
这两所院校在医药类专业方面具有较高声誉。
云南交通职业技术学院：
这是一所国家示范性高等职业院校，主要培养交通类人才。
这些大学在各自的特色领域具有较高声誉，建议根据个人兴趣和专业需求进行选择。