全国最好的三本中医大学有以下几所：
北京中医药大学：
北京中医药大学以其深厚的历史积淀和卓越的学术成就而闻名，稳居第一。该校在中医药教学、科研、医疗服务等领域取得了显著成绩，具有较高的学术造诣和教育水平。学科实力方面，中医学、中西医结合、中药学等3个学科入选国家“双一流”建设学科名单，学科实力强劲。人才培养方面，拥有一级学科博士学位授予权、博士后科研流动站，健全的人才培养体系是其重要亮点。临床实力方面，拥有19个临床教学基地、4家在京国医堂中医门诊部和直属附属医院，临床实力突出。
上海中医药大学：
上海中医药大学作为部市共建的双一流大学，拥有67年的办学历史，是上海市重点建设的高水平大学。学科实力方面，中医学、中药学、中西医结合等3个学科在第四轮学科评估中获评A+，学科整体实力位列中医院校前列。科研与教学方面，学校博士学位授予专业覆盖全部中医药学科，附属医院实力雄厚，共有附属医院9所，国家临床重点专科21个。
广州中医药大学：
广州中医药大学是中国著名的5A大学，中医药学科为主，多学科协调发展，是南方中医药教育的重要基地。学科实力方面，中医学学科不仅是国家“双一流”建设学科，还是国家一级重点学科。此外，还有6个学科是广东省高水平大学建设重点学科。人才培养方面，拥有1个博士专业学位授权类别、3个博士后科研流动站、3个一级学科博士学位授权，人才培养体系完备。
南京中医药大学：
南京中医药大学是全国建校最早的高等中医药院校之一，该校在中医学、中西医结合、中药学等领域有着出色的表现。
湖南中医药大学湘杏学院：
湖南中医药大学湘杏学院在教学实力方面表现突出。
江西中医药大学科技学院：
江西中医药大学科技学院也是一所值得考虑的三本中医大学。
浙江中医药大学滨江学院：
浙江中医药大学滨江学院在教学方面也有很好的表现。
贵阳医学院神奇民族医药学院：
贵阳医学院神奇民族医药学院在民族医药教育方面具有特色。
建议：
如果你希望进入顶尖的中医大学，北京中医药大学、上海中医药大学和广州中医药大学是首选。
如果你更看重学科实力和临床实践，南京中医药大学和湖南中医药大学湘杏学院也是不错的选择。
对于希望学习民族医药的学生，贵阳医学院神奇民族医药学院值得考虑。