日本大学排名较低的原因主要包括：
论文引用率：
日本大学的论文引用率可能不如其他国家的大学，这影响了排名。
国际师生比例：
日本大学的留学生及外国教授比例较低，这影响了国际化程度和排名。
教育体系：
日本是少数没有将教育产业化的发达国家，这可能影响了其大学排名。
语言障碍：
日本大学的论文主要为日语，少量以英语执笔，这对非日语母语的国际学生来说是一个挑战。
申请难度：
一些日本大学，如东京大学和京都大学，对国际学生有较高的申请要求，如SAT成绩或日语成绩，这增加了国际学生的申请难度。
审查过程复杂：
例如，京都大学的AAO审查体系和大阪大学的AAD审查程序复杂且耗时，对留学生来说不够友好。
地理位置和设施：
一些日本大学地理位置偏远，生活成本可能较高，且文科设施可能陈旧，影响了学生体验和排名。
学术研究环境：
日本的教育体系和学术研究环境可能与其他国家相比较为封闭，这影响了其在国际排名中的表现。
以上因素综合作用，导致了日本大学在多个国际大学排名中的位置相对较低