海南大学的二本毕业 算作一本毕业证。虽然海南大学有多个校区，并且有一本和二本之分，但无论是哪个校区的二本，其毕业证书上均会加盖“海南大学”的印章，并且所颁发的学位都是本科学历。
因此，无论是从哪个校区毕业的应用型学院还是农学院海洋学院，只要学生顺利毕业，他们所获得的毕业证书在形式上与一本学生是相同的，不会因校区或学院的不同而有所区别。
此外，虽然一本和二本在教学地点、专业设置等方面存在差异，但在就业市场上，海南大学作为一所211高校，其毕业生通常会被视为具有较高竞争力，不论是二本还是一本的毕业生。
综上所述，海南大学的二本毕业生在毕业证书上享受与一本毕业生同等的待遇和认可。