菏泽学院历届校长如下：
孙建昌：
现任党委副书记、院长。他主持校行政全面工作，负责德育与思想政治教育、文化建设、人才、师德建设与教师发展、离退休、财务、审计、安全稳定、工会、妇委会、教师教育工作。孙建昌校长1967年出生于山东省沂南县，博士研究生学历，曾任山东行政学院副院长。
王焕良：
现任党委书记。他由省委任命，不再担任菏泽学院院长、党委副书记职务。王焕良同志任菏泽学院党委书记。
姜同松：
现任院长、校党委委员、党委副书记。他由省委任命，不再担任临沂大学副校长、校党委委员职务。
黄富峰：
现任党委书记。他主持校党委全面工作，负责党的建设、干部、组织、宣传思想与意识形态、统战工作。分管组织部、党校、宣传部、统战部。联系马克思主义学院。