南京大学在考研时并不歧视三本院校的学生。虽然存在一些关于“歧视”的言论，但这些主要是基于个人感受或猜测，并没有确凿的数据或事实支持。南京大学作为国内知名的“985工程”和“211工程”院校，在招生时更注重考生的初试和复试成绩，而不是其本科背景。
具体来说，南京大学在招生时并没有明确限制三本院校的学生报考，只要考生符合报考条件（如拥有国家承认的本科毕业证书和学士学位），并且能够在初试和复试中表现优异，就有可能被录取。此外，南京大学在招生过程中也强调公平性，不会因考生的本科学校而进行歧视。
因此，如果你是三本院校的学生，想要报考南京大学研究生，建议你认真准备初试和复试，展示自己的学术能力和个人素质，以增加录取的机会。同时，你也可以参考南京大学发布的招生简章和专业目录，了解具体的招生要求和流程。